JFコードは大分類と中分類、品目、系統の４階層に分類されています。
大分類は大きく8分類（0草花類、1球根類、2ラン類、3多肉サボテン、4観葉植物類、5木本類、6野菜・果樹類、9その他）にまとめています。中分類では各大分類の下位階層として、合計31分類にまとめています。
品目の多くは、系統分類上の種や多数の品種をまとめた園芸種に相当します。例外的に、多数の種や園芸種を含む属や種群を品目としています。
品目の下位階層にある分類項目です。その中身は花色の違いでまとめた品種群であったり、まとまりの良い品種群や種群であったりします。
